Çatının bir bölümünün brandayla kapatıldığı tarihi yapıda, ahşap kaplamaların yerinden çıktığı görüldü.
Anadolu'daki kapalı avlulu medreselerin ilk örnekleri arasında gösterilen Nizameddin Yağıbasan tarafından Danişmendliler döneminde 1157 yılında yaptırılan medrese, Niksar Kalesi'nin iç surlarına bitişik konumuyla dikkati çekiyor. Yaklaşık 11 metre çapındaki kubbesi ve iki eyvanlı planıyla öne çıkan medrese, 2009 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edildi. Restorasyonun ardından medresenin Niksar Belediyesi tarafından kiralandığı iddia edilirken medresenin çatısı, yaklaşık 4 yıl önceki şiddetli rüzgarda zarar gördü. Çatının bir bölümünün uçmasının ardından hasarlı alan tadilat yerine brandayla kapatıldı. Yaklaşık 3 ay önce yaşanan başka bir fırtınada ise çatının diğer bölümlerinin de zarar gördü.
Medreseden çekilen görüntülerde, çatı örtüsünün bir bölümündeki mavi branda ile ahşap tavan kaplamalarında oluşan açıklıklar ve yerinden çıkan parçalar görülüyor. Fırtınaların ardından çatıda henüz kapsamlı bir onarım yapılmazken yüzyıllara tanıklık eden yapının korunması için çalışma başlatılması bekleniyor.
Anadolu'da tıp eğitimi verilen ilk medreselerden biri olarak da kabul edilen Yağıbasan Medresesi, Türk eğitim ve mimarlık tarihi açısından önemli eserler arasında yer alıyor.