Müftü Deniz'in bisiklete binmesi, motosikletle işe gitmesi ve cübbe giymemesi nedeniyle hakkında Diyanet İşler Başkanlığı tarafından soruşturma başlatıldığı iddia edilmişti.
Mehmet Deniz intihar etmeden önce yaşadıklarını anlatan bir de mektup bıraktı. Mektup savcılık tarafından başlatılan soruşturma kapsamında incelenmeye alındı.