1992 - 1995 yılları arasında Bosna'da devam eden kirli savaş yüzbinlerce Müslümanın ölümüne yol açmıştı. Bu ölümlerin büyük kısmı savaş sırasında değil, Sırplar tarafından sivil halka yönelik düzenlenen soykırımlar ile gerçekleşmişti.
Bosna'da Müslümanlara yönelik soykırımın bir benzeri de kültürel anlamda olmuştur. Savaşın tarafları olan Sırplar ve Hırvatlar, kasıtlı bir şekilde Osmanlı döneminden kalma tarihi eserlere saldırmış, büyük bir kısmını bombalayarak yok etmişti. Bu eserler arasında özellikle bir tanesi dünya kültürel mirası için oldukça önemliydi.
Bosna Hersek'in Mostar şehrinde bulunan ve şehrin ortasından geçen Neretva nehrinin üzerine 1566 tarihinde inşa ettirilen köprünün mimarı, Mimar Sinan'ın öğrencisi olan Mimar Hayreddin'dir. Osmanlı İmparatorluğu ile Venedik ve Raguza Cumhuriyetleri arasında karayoluyla gerçekleşen ticarette büyük öneme sahip olan köprü 427 yıl aktif olarak kullanılmıştı.
Ekim 1992'de Boşnaklar ve Hırvatlar arasında başlayan çatışmalar, her iki topluluğun da birlikte yaşadığı Mostar'a da sıçramıştı. 9 Mayıs 1993'te Hırvat ordusu Mostar'da Boşnaklara yönelik büyük bir saldırı başlattı. Nehrin bir tarafında Boşnakların, diğer tarafında ise Hırvatların yaşadığı şehirde tepeleri tutan Hırvat ordusu, topçu kanadını kullanarak şehirdeki İslam eserlerini yok etmeye başladı. Bu kapsamda Hırvat topçusu şehrin Osmanlı döneminin en büyük simgesi olan Mostar köprüsünü hedef aldı.
Mostar Köprüsü askeri olarak bir önem taşımıyordu, yıkılma arzusu sadece ideolojikti. 8 Kasım günü başlayan yoğun topçu saldırısı ile büyük hasar alan köprü, 9 Kasım 1993 tarihindeki saldırılar ile maalesef yıkıldı.
Şubat 1994'te iki toplum arasında yapılan bir ateşkes ile yıkılan köprünün yerine geçici bir köprü yapıldı.
Savaşın bitiminden sonra 2001 yılında Mostar Köprüsü'nün aslına uygun bir şekilde yeniden inşasına başlandı. Türkiye'nin büyük maddi desteği ile tamamlanan köprü 23 Temmuz 2004'te yeniden kullanıma açıldı.
Mostar Köprüsü'nün yıkımı hakkında gdh tarih'e konuşan Yüksek Mimar ve Restorasyon Uzmanı Dr. Olcay Aydemir şunları söyledi:
Tarihi alanlar, ortak mirasımızdır. Tarihi eserlere verilen zarar ülkelerin kültürel kimliği üzerinde korkunç zararlar verebilir, kötü sonuçlar doğurabilir. Kültürel kimliği, hafızayı yok etmek ne yazık ki bugün hala savaşlarda ilk hedef olmaktadır. Mavi Kalkan'a sahip binaları hedef almak bir savaş suçu olmalıdır. Ortak mirası hep birlikte korumalıyız.